Como el nitrógeno es inerte y no inflamable, puede ayudar a prevenir incendios o explosiones desplazando el oxígeno contenido en los depósitos de almacenamiento y las tuberías utilizadas para sustancias inflamables. La producción de biodiésel mediante el proceso de ésteres metílicos de ácidos grasos normalmente incluye metanol u otros disolventes alcohólicos que son inflamables y volátiles a temperaturas y presiones normales [grado 3 según la Asociación nacional de protección contra incendios estadounidense, (National Fire Protection Association)]. El biodiésel requiere de protección ignífuga mínima dependiendo de la materia prima empleada (grado 1 según la NFPA). Por otro lado, la inertización del nitrógeno puede aumentar el tiempo de conservación del biodiésel reduciendo la exposición a los componentes oxidativos e hidrolizantes del aire.